Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes hébergés dans le tube digestif. Notre microbiote comprend près de 100 000 milliards de bactéries, dix fois plus que le nombre de cellules du corps, et pèse plus lourd que le cerveau, jusqu’à deux kilos. Un gramme d’excrément humain contient plus de bactéries qu’il n’y a d’êtres humains sur Terre. Il nous faut donc accepter d’être des êtres non-indépendants hébergeant d’autres êtres vivants qui nous sont indispensables. Respecter et cultiver cette symbiose active est probablement une clé majeure de notre santé.

C’est un organe à part entière qui peut être greffé
L’appellation « flore intestinale » est aujourd’hui obsolète, car les études récentes montrent que ce microbiote n’est pas composé seulement de bactéries mais aussi de virus, levures et champignons.
La transplantation fécale est une thérapie ancienne qui n’est pas encore standardisée. Elle est pratiquée aujourd’hui seulement pour le traitement de la bactérie résistante C. difficile, mais elle pourrait bientôt s’étendre à d’autres applications notamment les maladies inflammatoires de l’intestin, le diabète, l’obésité, les maladies neurologiques.

Il est plus lourd que le cerveau
En effet, le microbiote pèse 2 kg. Il contient plus de bactéries (100 milliards) que notre corps possède de cellules et contient plus de gènes (600 000) que le génome humain (23 000).
Près de 1000 espèces bactériennes ont été relevées et 150 d’entre elles sont prédominantes. On trouve essentiellement trois grandes familles : les Firmicutes, les Bacteroidetes et les Actinobactéries.

Chaque microbiote est unique
Les scientifiques ont décrit trois entérotypes caractérisés chacun par une composition spécifique et la prédominance d’une population bactérienne : on définit ainsi un groupe dominé par Bacteroidetes, un autre par Ruminococcus et un dernier par Prevotella.
L’entérotype est influencé par le patrimoine génétique, la naissance, l’alimentation, la prise d’antibiotique et autres médicaments, l’environnement… etc. 
De nombreuses situations pathologiques très diverses sont associées à une signature bactérienne du microbiote intestinal particulière. Par exemple, des études sur les souris montrent que l’obésité est caractérisée par une composition bactérienne moins diversifiée. 

Il communique avec le cerveau grâce au nerf vague
Est-ce vraiment notre cerveau qui nous pousse à grignoter certains aliments ? Contrairement à ce que l’on a longtemps pensé, ce serait le microbiote intestinal qui régirait en réalité la prise alimentaire via le nerf vague. 

Le Dr Navaz Habib, auteur du livre Activez votre nerf vague explique : « Une fois que l’on a compris que les fringales liées aux aliments qu’exigent nos bactéries intestinales sont en réalité des signaux relayés par le nerf vague à travers le système sanguin, il devient possible de reprendre la main et de modifier notre alimentation pour obtenir un effet bénéfique, non seulement sur notre microbiote, mais aussi sur notre santé globale. »

Certaines bactéries du microbiote intestinal interviennent dans la fabrication de neurotransmetteurs, comme la sérotonine. Or ce neurotransmetteur a des effets positifs sur l’humeur. Ainsi, les inhibiteurs de la recapture de la sérotonine sont des antidépresseurs qui augmentent le taux de sérotonine dans certaines zones du cerveau. Le cerveau et l’intestin dialoguent ensemble grâce au nerf vague et à la voie sanguine.

Pour Martine Cotinat, « le microbiote dispose d’une voie d’action privilégiée sur le cerveau ; il intervient dans la modification de votre humeur, votre état de stress, votre comportement et peut favoriser le développement de certaines maladies neuropsychiatriques comme l’autisme, la schizophrénie, l’anxiété et la dépression ou les troubles bipolaires. »

Il produit des nutriments essentiels
Les bactéries intestinales se nourrissent des glucides non digérés par l’intestin grêle, notamment les fibres. Les bactéries les dégradent en acides gras à chaîne courte (AGCC) par un processus de fermentation. Comme le Dr Martine Cotinat le décrit dans Maigrir de plaisir en charmant ses bactéries, « ces acides gras permettent un dialogue entre le microbiote et son hôte ; ils interviennent dans la protection de l’intestin (production de mucus, renouvellement cellulaire, prévention du cancer) et la régulation des fonctions métaboliques (satiété, métabolisme des lipides, régulation du poids, luttent contre l’inflammation…). » 

Le microbiote est un protecteur de la barrière intestinale car il « stimule la production de mucus, une « couette » visqueuse et élastique qui habille l’intestin pour le protéger des bactéries pathogènes. Il renforce aussi la barrière intestinale en favorisant le renouvellement cellulaire qui permet à l’intestin de faire « peau neuve » tous les 3 jours et la bonne jonction des cellules, reliées entre elles par des systèmes d’attache. Si cette jonction est imparfaite, les cellules s’écartent, la membrane devient poreuse et risque de laisser passer des fragments d’aliments ou de bactéries (source d’inflammation et d’intolérance alimentaire). »

Les personnes qui souffrent de syndrome de l’intestin irritable présentent une altération du microbiote, c’est-à-dire une dysbiose, qui favorise l’inflammation.

Les bactéries intestinales interviennent dans la production de certaines vitamines (K2, B12, B8) et elles permettent également la digestion des polyphénols, ces molécules antioxydantes présentes dans les fruits et légumes avec lesquels elles produisent des métabolites bénéfiques pour la santé.

Déséquilibré, il favorise le stockage des graisses
Des études ont mis en évidence que les personnes obèses seraient capables d’extraire davantage d’énergie (de calories) provenant de la fermentation. En cause : une inflammation provoquerait une augmentation de la taille des villosités qui tapissent la paroi intestinale, ce qui augmenterait la surface d’absorption de 250 %. Une dysbiose intestinale, c’est-à-dire un déséquilibre du microbiote, induit aussi une augmentation de la perméabilité de l’intestin et une inflammation favorisant une résistance à l’insuline. Or cette dernière, on le sait, favorise le stockage des graisses.

Pour le rééquilibrer, il faut utiliser des probiotiques ET des prébiotiques
Prendre des compléments probiotiques est une solution vaine pour prendre soin de son microbiote si on ne modifie pas l’alimentation en parallèle. Il faut impérativement enrichir son assiette en prébiotiques, qui nourrissent les bonnes bactéries et permettent aux probiotiques de s’installer durablement dans les intestins.

Parmi les aliments riches en prébiotiques, on trouve le topinambour, le pissenlit, la chicorée amère, l’ail, le poireau, l’oignon, l’asperge, les champignons, les algues…

Pour une immunité au top
Le microbiote intestinal influence le système immunitaire ; en interagissant avec les cellules immunitaires dès la petite enfance, il participe à la construction de l’immunité. De plus, par leur présence, les « bonnes bactéries » empêchent l’installation et la propagation de bactéries pathogènes. Par conséquent, les bactéries probiotiques pourraient protéger l’organisme contre des infections.